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RNA-Seq数据去接头(Adapter) 繁体
2017年06月04 - adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段。 barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品。 insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为 插入 片段。 一个常见测序片段类似与adapter barcode insert adapter。测序开始时前几个碱基无法测得,第一个ad

NGS项目一:RNA-Seq数据的Workflow 繁体
2015年06月03 - nature protocolDifferential gene and transcript expression analysis of RNA seq experiments with TopHat and Cufflinks从原始的数据开始,进行reads回帖,到拼接转录本,计算表达量,分析差异表达,最后可视化分析结果。 nbsp nbsp TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工

RNA-Seq数据分析 繁体
2014年10月13 - 转自:http: blog.sina.com.cn s blog jl .html 从原始的数据开始,进行reads回帖,到拼接转录本,计算表达量,分析差异表达,最后可视化分析结果。 nbsp nbsp TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上,然后通过拼接,我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域,称为consensus,这些

RNA-seq 数据文件处理 繁体
2018年12月27 - http: www.fungenomics.com article nbsp 专题 基因组学技术专题 二 为什么说FPKM RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具。它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理。一般的使用方法是: wget 空格 参数 要下载文件的url路径,例如: wget nbsp http: www.linuxs

RNA-seq 数据的简单分析 繁体
2015年10月08 - 主要介绍如何分析RNA seq 数据 参考文档 Wikipedia RNA seq paper: RNA Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat: discovering splice junctions with RNA Seq TopHat paper Nature Pr

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 繁体
2018年10月18 - 什么是RNA Seq RNA Sequencing nbsp nbsp ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 Next Generation Sequencing, NGS 。 基于杂交的办法,主要是依靠印刷有荧光标记探针的基因芯片来实现。比如

trimmomatic 去接头,处理reads 繁体
2016年07月21 - lt span style font size: px gt lt span gt lt pre name code class plain gt lt span style font size: p

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据 繁体
2018年05月29 - SRA NCBI example NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 几个T 。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了 copy太慢,也太占空间 。 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传。 命令如下: .aspera conn

RNA-seq数据综合分析教程 AKAP95 繁体
2018年11月10 - https: blog.csdn.net l yivs t nbsp nbsp RNA seq数据综合分析教程 nbsp nbsp , nbsp A 所属分类: Transcriptomics nbsp 收 nbsp nbsp 藏 nbsp nbsp RNA seq数据分析 mRNA seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,

RNA-seq测序数据(reads)提交NCBI 繁体
2014年10月21 - RNA seq测序数据 reads 提交NCBI nbsp nbsp RNA seq的测序数据要向NCBI提交,这里简单总结一下。原始的测序数据 reads 数据要提交到SRA. RNA seq的拼接结果应该提交到TSA库,TSA全称TranscriptomeShotgun Assembly Sequence Database,TSA nbsp isan archive of computatio


 
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