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1 RNA-Seq数据去接头(Adapter)
2017年06月04 - 。最后,把barcode去除,只保留测度insert的片段,这个操作的术语是demultiplexing。但是有时候测序时会测穿,也就是说会得到barcode--insert的read--部分adapter,那么这里就包含了接头了,这里的接头也就是大家经常说去接头要去除的部分。 假设
2 RNA-seq 数据的简单分析
2015年10月08 - 主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat: discovering
3 RNA-Seq数据分析
2014年10月13 - 模拟的RNA-Seq数据集,双端测序,有两种处理,每种处理有3个重复,这里C代表处理,R代表重复,下面用C1R1进行演示 首先,要有参考序列fasta文件,也就通常说的基因组序列。 TopHat是利用Bowtie2回帖reads,我们首先需要建立Bowtie2的索引
4 NGS项目一:RNA-Seq数据的Workflow
2015年06月03 - nature protocolDifferential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks从原始的数据开始,进行reads回帖,到拼接转录本,计算表达量
5 trimmomatic 去接头,处理reads
2016年07月21 - :1.adapter.list:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36<span style="color: rgb(55, 96, 146); font-family: simsun; font-size: 14px; line-height
6 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据
2018年05月29 - SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间
7 RNA-seq测序数据(reads)提交NCBI
2014年10月21 - RNA-seq测序数据(reads)提交NCBI RNA-seq的测序数据要向NCBI提交,这里简单总结一下。原始的测序数据(reads) 数据要提交到SRA. RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库,TSA全称TranscriptomeShotgun Assembly Sequence
8 RNA_seq表达分析
2017年03月17 - ', '--novel-splicesite-infile', '/data2/masw_data/rna_seq/all.ss', '-t', '--no-discordant', '--no-mixed', '-1', fq1, '-2', fq2, '-S', sam], shell=False
9 单细胞RNA-seq比对定量用什么工具好?数据来说话
2018年03月26 - - Science - Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors : UCSC hg19 transcriptome; RSEM; TPM; 可行但是不完美,建议
10 RNA_seq GATK 最佳实践
2017年08月10 - GATK处理DNA 水平的snp 经验比较成熟,而RNA 水平较少,所以可能会存在错误 目前的流程兼顾了假阳性(不是真的snp位点)和假阴性(该位点是snp,却没有检测到);后续会不断改善 GATK SNP calling pipeline 分成

 
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